Toimitusjohtaja vastaa yhtiön operatiivisesta toiminnasta sekä juoksevasta hallinnosta. Hän vastaa hallitukselle sen asettamien tavoitteiden, suunnitelmien, linjausten ja päämäärien toteuttamisesta yhtiössä.
Toimitusjohtaja huolehtii yhtiön kirjanpidon lainmukaisuudesta ja varainhoidon luotettavasta järjestämisestä. Hän valmistelee hallituksessa päätettävät asiat ja panee toimeen hallituksen päätökset. Hallitus arvioi toimitusjohtajan työtä ja hänelle asetettujen tavoitteiden saavuttamista.
Partnera Oyj:n toimitusjohtajana toimii Peter Vapaamies ja talousjohtajana Jussi Lappalainen.